1、排膿：排膿是其主要癥狀。一般來說，新生成的瘺管排膿較多，
膿汁粘稠，黃色、味臭;瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀
淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成。

2、疼痛：瘺管通暢無炎癥時，一般無疼痛，只有肛門局部略有腫脹
感，行走時可加重，若外口封閉，瘺管存積膿液，或糞便進入瘺管，
則會疼痛加重或排糞時疼痛加重。

3、瘙癢：肛門部皮膚由于膿液及其他排出物刺激，常感覺皮膚瘙癢。

4、硬結(jié)或瘢痕：由于瘺管壁及瘺口的反復(fù)刺激，使纖維組織增生，
在管壁和瘺口形成質(zhì)韌的結(jié)締組織，常表現(xiàn)為瘺管周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形。

5、全身癥狀：多數(shù)無全身癥狀；當肛瘺侵犯范圍較大較深或支管較多時，反復(fù)炎癥感染，會導(dǎo)致消瘦、貧血、
便秘、排便困難等全身癥狀。